Papszun związany jest z Rakowem od kwietnia 2016, kiedy drużyna znajdowała się w II lidze. Jego kadencja w klubie z Częstochowy to pasmo sukcesów: mistrzostwo II ligi, awans do I ligi i PKO Ekstraklasy, Puchar i Superpuchar Polski, a także historyczny występ w eliminacjach do europejskich pucharów. Podczas pracy w Rakowie Marek Papszun otrzymał także nagrody indywidualne, między innymi tytuł Trenera Sezonu 2020/2021 na gali PKO BP Ekstraklasy. Niedawno głośno mówiło się, że trener Rakowa jest rozpatrywany w roli szkoleniowca Legii Warszawa lub selekcjonera reprezentacji Polski.

Ostatecznie Papszun zdecydował się pozostać w Częstochowie do końca przyszłego sezonu.